使用空间转录组文件gem生成相应的灰度图
一般我们在进行圈细胞之前需要将基因在空间上的表达情况绘制出来，同时与拍照的TIF图片进行对应，在我的上篇博客里面用了一位师兄的代码，但是却发现其执行效率过于低下，经常一张芯片要运行四五个小时。故自己写了新的架构，将速度提升了数百倍。代码如下所示： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243# import spateo as stimport pandas as pdfrom PIL import Imageimport matplotlib.pyplot as pltfrom scipy.sparse import csr_matriximport numpy as npimport skimageimport cv2'''log setting'''import logginglog =...
如何在stomics平台使用spateo圈细胞
时空云平台（STOmics Cloud）是以时空为特色的多组学数据分析平台，可以管理和分析多组学数据。 STOmics Cloud以项目为核心，用户可快速将数据和工具整合到项目，实现分析过程可追溯，结果可复现，知识可分享，项目可协作，形成项目分析体系。并通过一个用户友好的门户，提供灵活易于使用的无代码标准和高级分析，高分辨率可视化分析，以及个性化的分析服务，任何注册登录的用户可以轻松在平台上访问，分析，使用和共享数据和工具。 总体来说，STOmics 平台是一个很出色的多组学的数据分析平台，但是仍然有一些不足，STOmics 在做数据分析的时候无法连接外部网络，如果说我们需要用到一些外部的模型或是其他资源的时候，则是会遇到十分大的阻碍，尤其是当我们调用 keras 的某些模型的时候，是需要进行联网下载的，那我们就需要对源码进行一些修改。 Spateo 利用 Stereo-seq 的超高空间分辨率、大视野和高 RNA 捕获灵敏度，通过核染色和基于...
how to run Spatial ID
before you start to run the program, you should make something installed. 12345pip install torch==2.1.2+cpu torchvision==0.16.2+cpu torchaudio==2.1.2+cpu --index-url https://download.pytorch.org/whl/cpupip install torch-cluster -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-2.0.1+cpu.htmlpip install torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-2.0.1+cpu.htmlpip install torch-sparse -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-2.0.1+cpu.htmlpip install torch-geometric==2.0 Before...
如何将rds转为h5ad
在进行单细胞或是空间组数据分析的时候，有的人喜欢使用 R 语言进行分析，有的同学喜欢使用 Python 进行分析，但是两个语言分析所使用的文件有所不同，R 语言通常保存的为 rds 文件，Python 通常保存的为 h5ad 文件，如果是多人合作分析的时候，往往需要将文件进行格式转换，这通常是一件较为麻烦的事情，看到过有使用 SeuratDisk 和 SeuratData 等 R 语言包进行转换的程序，但是由于本人 R 语言环境等等的问题，总是无法安装，故想了一个新的方法来进行格式转换，教程如下。 首先是将 rds 文件中的信息提取出来。 1234library(Seurat)# 读取 rds 文件信息rds_file = readRDS("rds_file.rds")rds_file An object of class Seurat 38153 features across 9567 samples within 2 assays Active assay: Spatial (19082 features, 0 variable features)...
写一个小脚本
最近上课，有一门课有一部分网课，这部分网课其实已经学过了，但是老师还是让看，看就看呗，原以为直接挂着就行了，但是发现这个网站每隔几分钟就会弹出窗口，需要点击才能继续观看。可是呢，我还有别的任务，于是便写了一个小脚本，使得可以实现自动刷课。 找到弹出窗口 通过检查元素可以看到，class name 为 btn-ok btn 的只在弹出窗口中出现。 整理思路写脚本 那么只要这个元素出现，选中这个元素，再添加一个 click 事件便可。 12345678function click_btn_ok(){ try{ document.getElementsByClassName('btn-ok btn')[0].click() console.log('弹出窗口，已经点击') }catch(e ){ console.log('没有弹出窗口') ...
pip install fa2
最近在学习scanpy，读scanpy文档的toturial部分的 Trajectory inference for hematopoiesis in mouse 部分的时候，出现了一个错误，在我的 jupyter notebook 运行的时候，出现了一个 warning 1WARNING: Package 'fa2' is not installed, falling back to layout 'fr'.To use the faster and better ForceAtlas2 layout, install package 'fa2' (`pip install fa2`). 这个warning会导致我之后绘制的图片与文档中的原图有区别，在执行命令sc.pl.draw_graph(adata, color='paul15_clusters', legend_loc='on data')的时候，可以看到，左边是源文档的图片，右边是我画出来的图片 ...
如何写好你的科学故事
摘要 科学家要想成功，就必须写得好。遵循经典的前言、方法、结果和讨论 (IMRaD) 结构的论文写作存在实质性指导。在这里，作者填补了这个教学经典中的一个关键空白。作者提供有关编写优秀科学故事的指导。这种宝贵但往往难以实现的技能可以增加研究的影响力及其被接受的可能性。科学故事不仅仅是提供信息。这是一个有凝聚力的叙述，通过提出和解决问题来吸引读者，有开头、中间和结尾。为了创建这种叙事结构，作者敦促考虑在研究结束时开始，先写下他们的主要结论，为讨论提供基础，然后倒推：结果→方法→完善讨论→介绍→摘要→ 标题。在这篇简短而非正式的社论中，作者为广泛的受众提供指导，从高年级本科生（刚刚进行了他们的第一个研究项目）到高级科学家（他们可能会从重新思考他们的写作方法中受益）。为此，作者提供了具体的说明、示例和关于如何“倒着写”的文献指南，将科学叙事与 IMRaD 结构联系起来。 不发表就出局 写作是科学研究的一项基本技能。许多资源提供了关于撰写简洁、高效和令人信服的论文的指导（表 1），这些论文主要基于经典的介绍、方法、结果和讨论 (IMRaD)...